自公元2001年开始，经过况天佑（由尹天照行演）、马小玲（万绮雯饰）及其朋友对抗女娲造成的末日危机后，世界迎来了长达三年的和平时期。然而，作为世上唯一的女神——瑶池圣母（陈炜扮演），欲回归人间统治者伏羲（郑浩南饰）身旁的机会来临之际，她施展了一场名为“红雪”的致命病毒，旨在感染全部盘古族裔。于是，天佑深受其苦；同时，马小玲被迫回到宋朝寻找天佑往生的记忆线索。怀着对天佑未来深深的忧虑和无可退让的决心，马小玲踏上了寻觅解救之策的道路。当天佑再次出现并遇见小玲时，他带来的是新曙光的同时也揭开了一系列事件序幕：因怨恨之力主导命运走向的结果导致瑶池圣母与人间主宰伏羲分裂开战；这时，角色们又肩负起维持宇宙稳定、防止混乱再临的巨大使命。