回想当年赋予你的翅膀，是为呼应那距今一万一二千年前的情感，使破碎之心重归一体。每逢日月星辰汇聚之际，新曲即将鸣响！坐落于湘南海上的小小岛屿上就是风光旖旎的江之岛，该校内有一所名为江之岛学院的私立中学。此校集结了众多天资卓越的少年英才，并运用最新设备为其提供顶尖教育资源。“元素”班特地选拔Sakko、Limiya及Toshi成为精英学员，命令他们在情绪驱动下发动称为“矢量机”的战斗机来抵御神秘敌人的武器——那些神话般的生物。激战中，萨科被梦幻光幕引导，怒喝道：“星球合璧！启动 Aquarion ！”最后，在无数轮回之后，机械羽翼Aquarion现世。当隐秘组织“宇宙卵集社”及其大人们对计谋的纠葛加深时，这批肩负命运的孩子们不得不揭开宇宙真相……这场故事是一段关乎个体情愫以及全宇宙存续的伟大爱情史诗。