江枫携花月奴逃出故乡，在旅途中产下一对双胞胎。因对江枫有意，邀月宫主将其处决并夺走其一子花无缺（由谢霆锋出演），令其另一女由自已的儿子抚养成人。另有一子小鱼儿（由张卫健出演），在燕南天护送下隐匿至恶魔岛，并在其麾下的众多反派手下长大。历经十八载光阴，在移花宫内，花无缺已成为严格遵守宫规的孩子，展现出绝对顺服的性格；而机智聪慧的小鱼儿亦在外海受尽磨砺，演变成睿智之士。当武林盟主铁如云突然消失之际，江别鹤（扮演者王伯昭）筹划一次特别聚会以寻觅接替空位的新任首领。基于探究身世的好奇心理，渴望揭开自身起源的小鱼儿毅然离开故土；同时，遵照师父指示消灭各大门派力量的花无缺踏上远征之路；而追寻父母足迹的心兰公主（由范冰冰饰）现身大会现场，三人终于此地相逢。心兰立即陷入对花无缺的情感旋涡之中。鉴于对心兰安全的担忧及其欲借助对方抗衡更大敌人的目的，孤独行动的小鱼儿潜入慕容府窃得奇异药物——火灵芝的过程中邂逅慕容家的女儿小仙女（演员柏雪饰）。正值时局动荡，狡猾的东厂头目刘喜暗害铁如云嫁祸慕容氏族，并将具先天灵气的小仙女带走培养，意图利用她的生机力增强他的独步天下招式。“火灵芝”的价值使其成为两方抢夺的核心对象，尤其当他得知此少女不幸去世之时，怒不可遏的小鱼儿几近死伤，幸赖擅长医药、性情乖戾的女医师苏樱（扮演者袁泉）及时出手救援才得以脱险。此前虽身为皇后的江玉燕（由杨雪饰）因其爱情未获回应而满腔憎恨，但她心中的旧日恋情逐渐平息，开始密谋一系列计划联手兄长摧毁潜在对手，将曾养育二人的燕南天及心兰一举歼灭。从此，这对血缘深厚却长期斗争不断的兄弟继续各自的冒险旅程。