明熹宗天启年间，左都御史杨涟得罪了权臣魏忠贤，遭到陷害被捕入狱。此时，东厂和锦衣卫受魏忠贤唆使秘密策划杀害杨家全族。在此紧要关头，按照师父王冬青的吩咐，弟子徐长卿悄然护送杨活之女杨紫萱离开危险之地，将其从应山县转移到龙泉村投奔已故名医刘谦处避难。深受恩师旧情影响刘谦欣然收下了这位年轻的侄孙女并向其倾注关爱的同时耐心传授她的医学精髓知识从此，在三人的携手努力下同仁堂的发展迎来了前所未有的兴盛局面。不过遗憾的是这却引来了同行庸中医士吴南星的嫉妒心理进而牵涉到了敌对力量乃至叛逆者的们的干预行动。更加令人不安的是随后发现魏忠贤的心腹得知杨紫萱的情况当即派出多位杀手侵袭同仁堂意图摧残杨家后代并收集证据作为定罪凭证这些事变导致往常宁静的生活瞬间变得波澜起伏一个新的江湖纷争随即掀起。