在大正十二年东京的夜晚，他们现身了——隐匿于暗影之中的吸血鬼，这些古老的生命一直居住在这个世界之中。为了适应现代强权国家的情报竞争，陆军建立了一个名叫“零机关”的第十六特殊部队来管理此事。该部队是由中岛中将因应对抗新型敌对力量而谍报活动所需建立起来的；现在，“零机关”的主要职责是处理藏身京都的吸血鬼问题。参与这一工作的有最强力的人类指挥官前田义信少将、身为顶尖吸血鬼且刚加入的新手栗栖秀太郎、智商超群的山上德一及跨时代生存下来的须和（暂时命名，在日文中称为斯瓦），还有酷爱研究年轻大脑的心理学家竹内（临时命名为塔可乌奇）。这就是组成“零机关”行动组的所有成员。同时，更多的吸血鬼正在秘密行事，并出现了一些未知来源的人造血液。尽管大卫·罗特（临时命名为德夫罗特）已经活过了三个世纪，但他依然保持儿童般的外貌，作为一个观察者审视着所有发生的事情。今晚，“零机关”依旧在这具有大正特色的夜晚忙碌奔波。