在探险尼比鲁星球的过程中，企业号的指挥官柯克（扮演者为克里斯·派恩）由于营救史波克（扎克瑞·昆图饰），采取了冒险行为，差点使全队人员遇难并因而承担后果。接着，柯克重新获得了他的职位；然而，在此期间，伦敦发生了一场致命的恐怖事件，夺去了四十多条生命。幕后主使人约翰·哈里森实际上是联盟的一员。他后来还挟持一架航班针对高层会面进行攻击，致使柯克深感敬仰的帕克将军不幸阵亡。出于不让哈里森逃走的目的，柯克再次率领企业号展开追踪任务。在这趟危机重重的旅行途中，柯克及其队伍和伙伴们的信任经受住了严苛考。