淳祐七年的一天，钦州灵龙镇频发灾祸，民间传说皆因蛟龙所致，需将童男童女投入锁龙井喂养方能平安。这一习俗流传甚久，众多无辜孩童因此殒命，哀声四起，民众尤其担忧自己的孩子。新上任的主簿庄严欲探寻锁龙井实情而行，却无意间惹恼了龙神，最终被关入监狱。出于救赎心中爱人的目的，仵作小宛远赴万水千山，邀请隐世已久的高手宋慈相助调查此案。当越来越多的证据浮出水面后，二人共同拨开重重谜团，终于在庄严被判死刑前揭示了真正的凶手，使其恢复名誉；与此同时，小宛也获得了众人的赞同，并正式拜入宋慈门下学艺。就在灵龙镇再度回复昔日安宁之时，宋慈意识到事情并不像表面上看起来那么简单。