故事围绕着一个世纪以前默默无闻的小药童展开，他不愿与不良药商合作，用自己的性命护卫药材，使这些药材获得了灵气。历经数个轮回后，由钩藤领衔的四种药物（钩藤、曼罗、水苏、豆蔻），化身药灵，拥有人的模样，并寻求新的真心懂药之人，通过血液滋润它们的身体，从而修真成龙。倘若成功得道飞升，则此四种药材将不再存在于世上。位于云端来的小镇药师林东笙怀抱救民于疾苦的心愿，费力搜寻这罕见消失已久的药材以救助病人。在此过程中，林东笙被证明是曾舍命庇护他的药苗成长的孩子，当众人都想回报这份大义之时，却不幸地落入对手刘虎设下的圈套中，指控其有意投毒并遭到官方和药灵谷的双重追捕。为了保全林东笙，曼罗甘冒风险背离伙伴们，面对牺牲自己利益或挽救众生的选择，每个人都要作出决定……。