故事发生的都市叫"DEN CITY"，该城有先进的网络设施。“SOL技术社”使用顶尖科技打造了个名为“LINK VRAINS”的VR平台。当地民众热衷于此平台上各式新颖比武。然而，“LINK VRAINS”内藏着个隐秘骇客帮派——海诺因骑士团；他们借比武实施犯罪行为，并意图破坏"AIs的世界=电子界"。正当此时，一名称“Playmaker”的参战者站了出来。靠着超凡实力击溃了海诺因骑士团，并擒获一款引人注目的AI程序，这场胜仗暂时挽救了局势，之后却不知所终，仅在网络留下英名，成为一个传奇人物。现今，真身“Playmaker”—高中生藤木游作正深入探究一桩过去的事件谜案。面对再度现身于'VRAINS'里的海诺因骑士团，他展开了追寻真相之旅…于是，人生的剧本徐徐展开…有关神秘AI的真实面貌、海诺因骑士团的目的及其隐藏在游作过往的故事…一切答案都在此揭晓。
