"除妖"是指将由于特殊缘由而从原本应当隐匿的世界来到现实世界中的妖怪重新送往其隐蔽所在的任务。某日，被妖怪附体的高中女孩芦屋花绘，借助一种意外获得的方法接触了专门负责驱邪事务的物怪庵，眼前的正是态度庄重的店主人家张晴斋先生。基于某个理由，芦屋成为了这家物怪庵的一员实习生，并投身于她的新职责之中。自此之后，由张家和芦屋共同组成了捉妖团队，并经历了一系列与妖怪相关的事件。