雾隐小学一年级的学生小太郎住在青空镇的一个宁静小镇里，成长于一座拥有四百多年历史的忍者家族府邸中。身为雾隐忍术传统的继承者，小太郎渴望无拘无束地玩耍而不愿承受严格训练的压力。某天，为了避开常规的武术操练，他悄悄离家出走前往未知世界；然而当试图逃脱时却意外被父亲藤兵卫发现并引发了争吵。就在这时候，有人不慎扔下了一个爆炸装置——它正好炸开了巨石，释放出一名反叛者悟空。原来，悟空是企图统治整个宇宙的黑暗君王。虽然悟空经过一段时间沉睡再度觉醒，但由于艾尔德兰光明使者的牺牲才暂时遏制了他的威胁，并将其重新锁入深渊。但是，在短时间内，悟空利用时空裂缝送来了另一名可怕的魔法师亚米诺利斯到现实世界。那日下午放学回家的路上，小太郎恰好目睹了前所未见的巨大机器人展览场景：Ganbaruger 出现了。根据艾尔德兰的心愿召唤，包括小太郎和他的朋友风祭贵介及流崎力也在内的小组决心承担“奇迹忍者钢巴”的重任：穿戴特别装备并使用神秘力量去战斗。他们的主要目标是对抗由亚米诺利斯操控的人型怪兽 Makaiju 同时还要面对一段古老的诅咒所带来的难题：揭示自己真实身份之人将会变成卑微的动物，比如狗之类的命运。于是，带着父亲藤兵卫（暂称‘冈’）的帮助和支持，三人踏上了一条布满艰险的旅程。解决藏匿着两大魔界姐妹 Kuoka 和 Akura 捆绑秘密的关键在于一只机智的猫头鹰形状的生物。随后发生的紧张对峙最终导向一场决战，三股强大敌人的身影一一浮现出来：分别是 Gokuark、Letherg 及 Saiark 。