在明朝末年，权臣魏忠贤独揽大权，皇帝意图铲除他。就在洪御史之女即将封为皇后之时，她突然意外逝世。为了查清此事，六扇门的总捕头向石派出了叶飞与云灵来抗衡魏忠贤，探寻真相。但魏忠贤设下更复杂的陷阱，致使六扇门遭到灭顶之灾。在这紧要关头，叶飞和云灵奋起抵抗，并携手皇帝击败了魏忠贤。最终，云灵入宫成后，叶飞接任了六扇门的领导职务。