在2024年，一场巨大的撞击震撼了天空，引发了银河内部物质的重大变化。在此期间，一名名叫原子少年的个体，驾驶着飞船出发去揭开这一神秘现象的背后原因。旅途中，他遇到了五十四个分别源自六颗远星球体的隐秘青少年。这些成员各自拥有独特的能力：一些能操控自然界的力量；另一些则精通穿越时空的技术；还有人可以洞察所有生命的精神领域。经过一段时间后，原子少年发现自身和他的众多未明同侪之间存在着一种隐蔽的关系，他们的命运相互交织，甚至是宇宙未来的关键所在。