心灵部队和克拉克总统的政府发现了藏匿在地球太阳系内一艘暗影飞船上蕴含着先进科技的秘密，并开始利用这些技术。随着克拉克政权日渐走向封闭并趋向独裁，他们还以军事行动为借口发布了紧急状态命令。这引发了长期以来一直对地球政治漠然待之的火星发起独立运动；同时，两国间多年的外交关系已经彻底断裂。此外，巴比伦五号星舰亦宣称脱离其母星球成为独立实体；其他处于边疆地区隶属于人类联合政府管辖的殖民地也开始纷纷谋求自治。面对这种形势，地球联邦试图再次掌控巴比伦五号，但得到了mingbaali人的帮助—这是一个愿意团结抵御不断加剧的暗影威胁的力量—使得这项努力未能成功收场。