心灵部队和 克拉认同政府发现了一艘暗影飞船中蕴藏着先进的科技秘密并且已经开始运用这些技术。伴随著克拉承认权逐渐变得封闭且倾向于专制统治，他们借军事行动名义发布了紧急状态令状。此举导致一直以来对于地球上政局毫不关心的火星随之启动了独立运动；与此同时，历经数年的外交纽带已然完全断绝。另外，巴比仑五号星舰也宣布脱离开它所隶属的母亲星球而成为一个自主实体；其他的边缘区域附属於人联管府管理下的殖民地也在争取更多的自治权利。在此情况下，地球联盟尝试再一次去控制住巴比仑五号但是借助mingbaali人的支援——这是一种有能力集结起来对抗日益增长的暗影威胁力量——最终让这次努力无法取得成效。