《超迷你战士第六季：史前大冒险》中时间回到远古时代，当时原始人生活艰苦，还受到由负能量变成的“烦恼精灵”侵扰。一位聪慧的女孩发明了两位名叫迷你勇和迷你萌的强大正能量小战士以应对这一切问题。接着，一段意图打败烦恼精灵同时探究其背后的秘密的史前三段旅程正式启动；在探险过程中，小战士遇到了众多强者及奇特的人类伙伴比如阿焰等，他们能够揭露真相、克服烦恼，守护世界和平吗。