当本地的年轻人年满十岁时，便有权培养神奇宝贝了。持有成为一名顶级神奇宝贝训练师愿望的小智（配音：松本梨香），打算踏上修炼之路。因为睡过头而晚到的缘故，小智差点错失选择神奇宝贝的机会，在不得已的情况下选择了最后一只有名皮卡chu（配音：大谷育江）。号称“电气鼠”的皮卡chu外表讨喜但性格内向且难以接近，它会在心情不佳的时候突然发射电流攻击他人；这一易怒的性格令小智颇为困扰。为激励旅程，博士赐予小智一本神奇宝贝图鉴以及一只捕获工具精灵球。面对即将展开的充满奥秘的新天地、无穷的秘密探险乃至多样的挑战，小智与其伙伴皮卡chu将会有怎样的表现？他们能否助力小智实现晋升为顶级训练师的梦想？一切的答案都将一一呈现。