当地真新的青少年满十岁后，就有了培育神奇宝贝的权利。拥有成为最强大神奇宝贝训练员梦想的十岁男孩小智（声优：松本梨香），准备开始他的修行之旅。由于早上的懒觉导致迟到，小智险些错过了挑选神奇宝贝的机会，无奈之下只好选中剩余的最后一隻——名为皮卡chu（声优：大谷育江）的神奇宝贝。被称为“电气鼠”的皮卡chu虽然外观可爱，但却很羞涩不易亲近，并在情绪低落时会突然放电攻击别人；这种容易生气的个性让小智感到烦恼。为了鼓励这次旅行，博士给了小智一本神奇宝贝手册和一个精灵球捕捉装置。对于即将到来的神秘未知世界、无尽的秘密探索及各种冒险考验，小智及其同伴皮卡chu将会如何应对呢？是否能够帮助小智达成成为顶尖训练员的目标呢？这些可能性都有待揭晓。