在这个世界上存在着许多奇异的生物——神奇宝贝。讲述的是少年小智和他的神奇宝贝们相遇、冒险直到战斗的经历。当旅程告终时；小智带着最初的伙伴皮卡丘到达了芳枒地带；但在前往的路上，因为遭到火箭队的袭击，皮卡丘表现得格外反常……之后，在AG地区里，小智能到了同伴赛悠的支持与相伴，并以及好友大刚和塞悠的弟弟诚一起上踏新的旅途，在这里他们开启了在芳枘地带和其他竞赛区的新征途。