在这个世界上有许多奇异的生灵——神奇宝贝。叙述的是少年小智与其神奇宝贝们的相遇、探险直至战斗的故事过程。当旅程结束时，小智携着初始伙伴皮卡丘抵达了芳缘地带；然而在去往途中，由于被火箭队攻击，皮卡丘显得异常反常……随后，在AG区域中，小智得到了新伴侣小遥的帮助和陪伴，还有始终激励他前行的好友小刚以及小遥的弟弟小胜一同踏上征程，在此他们开始了在芳缘地带及其他挑战竞技区的新旅。