公元5012年。突袭的人类之外来敌人及它们制造的机甲生命体将人类逼至灭亡之境。生还者撤离至月球并运用仿真人战士反攻企图重获地球主权。然而，在这无休止增加的机甲障碍面前，战事陷入胶着状态。作为一种顶级兵器，人类派出了最新的仿真人〈寄叶〉小队赴地球提供援助。新抵达的〈2B〉与前期探查队员〈9S〉在途中结伴前行却屡遭神秘莫测的现象干扰。此乃一个关于缺乏情感的〈仿真人〉为守护人类文明奋勇抗争的历史叙述—注解：“Automata”即“自动人形”，请勿再称其为机械纪元时代。