公元5012年。外来敌人的突击和他们制造的机甲生物迫使人类走向灭绝边缘。幸存者逃往月球，并借助仿真战士反击，试图夺回地球的主权。但面对不断增加的机甲阻碍，战争陷入了僵局。作为顶尖武器，人类派遣了最新款的仿真战士队伍〈寄叶〉前往地球支援。刚到的新成员〈2B〉与先行侦查的小队队长〈9S〉同行时不断遭遇难以解释的情况干扰。这是一个没有感情的仿真战士为了保护人类文化而英勇奋斗的故事——注释："Automata"意指“自动人形”，请避免将其称为机械纪元时代的产物。